슈렉이 아름다운 공주 피오나와 겁나먼 왕국을 구해낸 이후. 그들도 오래오래 행복하게 살았...더라면 참 좋았을텐데! 과연 슈렉에게도 모두가 바라던 해피엔딩이 올까?
완전 딴판으로 바뀌어버린 세상에서 절친 동키는 슈렉을 미친 괴물 취급하며 줄행랑 치고, 단 하나의 사랑 피오나는 하이킥을 날리고, 장화신은 고양이는 더 이상 장화를 신지 않는 D라인의 고양이가 되어 있다. 친구들과 왕국, 그리고 하나뿐인 진실한 사랑을 되찾기 위한 슈렉의 마지막 이야기가 시작된다!