별빛이 아름다운 시코탄 섬에 살고 있는 ‘준페이’와 ‘칸타’ 형제. 세계적인 명작 동화 [은하철도의 밤]을 좋아하는 아버지 ‘타츠오’의 영향으로 매일같이 기차 놀이를 하며 은하철도를 타고 우주를 여행하는 상상 속에 살아 간다.
그러던 어느 날, 낯선 어른들이 시코탄 섬에 들이닥치고 섬의 평화는 깨져버리고 만다. 형제는 부모님을 따라 섬에 살게 된 파란 눈의 소녀 ‘타냐’와 친구가 되고 소중한 우정을 쌓아가는데.. 하지만 ‘타츠오’가 섬 밖으로 끌려가게 되자 형제의 삶은 180도 달라지게 되는데...